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Hybride Integration von molekularbiologischen Annotationsdaten

Kurzanzeige
dc.contributor.authorKörner, Christine
dc.contributor.authorKirsten, Toralf
dc.contributor.authorDo, Hong-Hai
dc.contributor.authorRahm, Erhard
dc.contributor.editorVossen, Gottfried
dc.contributor.editorLeymann, Frank
dc.contributor.editorLockemann, Peter
dc.contributor.editorStucky, Wolffried
dc.date.accessioned2019-10-11T08:35:13Z
dc.date.available2019-10-11T08:35:13Z
dc.date.issued2005
dc.description.abstractWir präsentieren einen Ansatz, um Annotationsdaten von molekularbiologischen Objekten wie Genen, Proteinen und Pathways aus öffentlichen Datenquellen für datenintensive Expressionsanalysen verwendbar zu machen. Die Expressionsdaten sind mit Experimentbeschreibungen physisch in einem Data Warehouse integriert, um schnelle Auswertungen zu unterstützen. Die öffentlichen Annotationsdaten werden virtuell über einen Mediatoransatz integriert und bedarfsgesteuert für Analysen abgerufen. Für die einheitliche Anbindung der Datenquellen wird das verbreitete Tool SRS (Sequence Retrieval System) der Fa. LION bioscience genutzt. Die Kopplung zwischen dem Warehouse und SRS erfolgt über einen Query-Mediator unter Nutzung explizit gespeicherter Beziehungen (Mappings) zwischen den Instanzen der öffentlichen Datenquellen. Dieser hybride In- tegrationsansatz wurde als Erweiterung des Leipziger Data Warehouse für Genexpressionsdaten (http://www.izbi.de/GEWARE) implementiert und wird für die Einbindung von GeneOntology, LocusLink und Ensemble in Analysen eingesetzt. Neben der Darstellung des Integrationskonzepts und seiner Realisierung werden auch Ergebnisse erster Performanzmessungen präsentiert.de
dc.identifier.isbn3-88579-394-6
dc.identifier.pissn1617-5468
dc.identifier.urihttps://dl.gi.de/handle/20.500.12116/28275
dc.language.isode
dc.publisherGesellschaft für Informatik e.V.
dc.relation.ispartofDatenbanksysteme in Business, Technologie und Web, 11. Fachtagung des GIFachbereichs “Datenbanken und Informationssysteme” (DBIS)
dc.relation.ispartofseriesLecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings, Volume P-65
dc.titleHybride Integration von molekularbiologischen Annotationsdatende
dc.typeText/Conference Paper
gi.citation.endPage364
gi.citation.publisherPlaceBonn
gi.citation.startPage345
gi.conference.date2.-4. März 2005
gi.conference.locationKarlsruhe
gi.conference.sessiontitleRegular Research Papers

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