Datenbank Spektrum 11(1) - März 2011

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Zeitschriftenartikel
Das Sombi-Framework zum Ermitteln geeigneter Suchfunktionen für biologische Modelldatenbasen
(Datenbank-Spektrum: Vol. 11, No. 1, 2011) Waltemath, Dagmar; Henkel, Ron; Meyer, Holger; Heuer, Andreas
Die Wiederverwendung von Simulationsmodellen biologischer Systeme ist mit der ansteigenden Zahl der in Modelldatenbanken gespeicherten Modelle zu einem wichtigen Forschungsproblem geworden. Ein Teilproblem ist die effiziente Suche nach relevanten Modellen in einer Datenbasis. Als Lösungsansatz wurde kürzlich die Nutzung von Information-Retrieval-Techniken für das bewertete Finden von Modellen vorgestellt.Die im Folgenden beschriebene Software stellt Anwendungsentwicklern ein Framework zur Evaluation verschiedener Retrieval- und Rankingfunktionen unter Nutzung unterschiedlicher Datenbasen zur Verfügung. Der modulare Aufbau des Frameworks ermöglicht die Unterstützung weiterer XML-basierter Beschreibungsformate sowie das Einbinden zusätzlicher Funktionen. Voraussetzungen für die Verwendung des Frameworks sind die Kodierung der Simulationsmodelle in einem XML-basierten Standard-Repräsentationsformat sowie die Verfügbarkeit von semantischen Modellinformationen, z.B. in Form von in Ontologien kodierten Meta-Informationen. Sombi wurde als Evaluationswerkzeug für Datenbankentwickler im Bereich der Modellspeicherung in der Systembiologie entwickelt. Eine Verwendung des Frameworks auf anderen Anwendungsgebieten ist jedoch vorstellbar.