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Auflistung nach Autor:in "Prasser, Fabian"

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  • Konferenzbeitrag
    A generic transformation of HL7 messages into the resource description framework data model
    (INFORMATIK 2012, 2012) Prasser, Fabian; Kohlmayer, Florian; Kemper, Alfons; Kuhn, Klaus
    The inherent flexibility of the RDF data model has led to its notable adoption in many domains, especially in the area of life-sciences. In some of these domains, there is an increasing need to integrate data from various distributed sources. In translational medical research, an emerging domain of high relevance, the access to biomedical data sources that contain important primary data (e.g., clinical information systems or research databases) is a crucial requirement. In patient-care, information systems exchange information via a standardized application level protocol, called HL7. This paper presents a generic component for transforming such message streams into an RDF representation and loading them into an RDF database system. This allows to seamlessly integrate clinical data into biomedical Semantic Web applications.
  • Konferenzbeitrag
    Inkrementelle ontologiebasierte Informationsintegration für die translationale medizinische Forschung
    (INFORMATIK 2011 – Informatik schafft Communities, 2011) Prasser, Fabian; Wurst, Sebastian H. R.; Lamla, Gregor; Kuhn, Klaus A.
    Für die translationale medizinische Forschung werden sehr viele, sehr komplexe Daten aus heterogenen und verteilten Quellen benötigt. Bei der Integration dieser Datenund Wissensquellen bestehen besondere Anforderungen, da einerseits einer hoch dynamischen und häufig veränderten Domäne und andererseits regulatorischen Aspekten, wie dem Datenschutz oder Zulassungsbestimmungen Rechnung getragen werden muss. Für die effiziente Umsetzung einer Integrationslösung in diesem Kontext wird in dieser Arbeit das Konzept der inkrementellen ontologiebasierten Integration vorgeschlagen. Herausforderungen für die Informatik liegen dabei vor allem im Bereich des lokalen Zugriffs auf Informationssysteme und des globalen Zugriffs auf die integrierten Daten (Anfragebearbeitung). Vorhandene Lösungsansätze für diese Herausforderungen werden vorgestellt und einige Aspekte einer sich in Entwicklung befindenden prototypischen Umsetzung des Konzepts kurz skizziert.
  • Konferenzbeitrag
    IT-Unterstützung translationaler Forschung im Rahmen der Clinical and Translational Science Awards
    (INFORMATIK 2010. Service Science – Neue Perspektiven für die Informatik. Band 1, 2010) Wurst, Sebastian; Lamla, Gregor; Schmelcher, Dominik; Prasser, Fabian; Kuhn, Klaus
    Im Rahmen des US-Förderprogramms Clinical and Translational Science Awards (CTSA) werden seit 2006 IT-Infrastrukturen für die translationale medizinische Forschung aufgebaut Datenbanken und Integrationsmethoden spielen eine bedeutende Rolle. Dieser Beitrag stellt die Architekturen anhand relevanter Beispiele vor.
  • Konferenzbeitrag
    Eine Umsetzung des IHE Single Source Konzepts für die translationale Forschung bei Knochen- und Weichteilsarkomen
    (INFORMATIK 2010. Service Science – Neue Perspektiven für die Informatik. Band 2, 2010) Lamla, Gregor; Blaser, Rainer; Prasser, Fabian; Wurst, Sebastian H. R.; Rechl, Hans; Gradinger, Reiner; Kuhn, Klaus A.
    Informationsintegration spielt für die Unterstützung der translationalen Forschung weltweit eine zentrale Rolle. Am Klinikum rechts der Isar der Technischen Universität München wurde Anfang 2010 eine Therapieeinheit für Knochenund Weichteilsarkome eingerichtet. Für Forschungszwecke werden über die für die Krankenversorgung erforderlichen Daten hinaus weitere Details zum Krankheitsund Behandlungsverlauf der Patienten hochstrukturiert erfasst. Hierfür werden relevante Teile der Dokumente aus dem Routinesystem in ein Forschungssystem übertragen. Dort erfolgt dann eine strukturierte Dokumentation höherer Granularität; hierfür sind Maßnahmen zur Konsistenzsicherung und Synchronisation vorgesehen. Das hier vorgestellte System ist von genereller Relevanz für die translationale Informationsverarbeitung.