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Auflistung nach Autor:in "Sawitzki, Sergei"

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    Architektur und Entwurfsfluss zur Unterstützung der Anwendungsparallelität durch rekonfigurierbare Rechnersysteme
    (Ausgezeichnete Informatikdissertationen 2002, 2003) Sawitzki, Sergei
    Seit den Anfängen des rekonfigurierbaren Rechnens war die Vereinbarung von Prinzipien der parallelen und rekonfigurierbaren Verarbeitung ein wichtiger Forschungsschwerpunkt. Es blieb jedoch fraglich, ob es möglich ist, ein Ent- wurfsraummodell, eine universelle Architekturvorlage und eine Werkzeugumgebung zur Unterstützung von sowohl Befehls- als auch Datenparallelität auf verschiedenen Granularitätsstufen zu vereinigen. Diese Arbeit stellt die ReSArT Architekturvorlage sowie die DEfInE Entwurfsumgebung vor, womit diese Frage positiv beantwortet wird. Um die Machbarkeit und Lebendigkeit des Konzeptes zu beweisen, wurden ver- schiedene mit ReSArT und DEfInE erzeugte Architekturinstanzen mit einem Satz von 10 Benchmarks getestet und zeigten für eine prototypische Implementierung bereits vielversprechende Resultate.
  • Textdokument
    FPGA-basierter Protein- und DNA-Sequenzvergleich zur optimierten Datenbanksuche mit dem BLAST-Algorithmus
    (INFORMATIK 2017, 2017) Starke, Thomas Fabian; Bostelmann, Timm; Sawitzki, Sergei
    Im Bereich der Bioinformatik und insbesondere der Genforschung ist die Suche nach lokalen Übereinstimmungen in Gensequenzen (engl. local alignment) von wichtiger Bedeutung. Die Anzahl und Größe der in den Gendatenbanken hinterlegten Sequenzen wächst jedoch rasant an, sodass die Suchgeschwindigkeit von kritischer Bedeutung ist. Für die Suche lokaler Übereinstimmungen zwischen einer Such-und einer Datenbanksequenz wird üblicherweise der BLAST Algorithmus (Basic Local Alignment Search Tool) eingesetzt. In dieser Arbeit wird eine Implementierung des BLAST Algorithmus in einer baumartigen Hardwarestruktur auf einem FPGA vorgestellt. Die Vorund Nachteile dieser Implementierung gegenüber einer konventionellen Umsetzung des Algorithmus in Software werden gezeigt und analysiert. Abschließend wird ein Ausblick darauf gegeben, wie die bestehenden Einschränkungen der vorgestellten Lösung aufgehoben werden können.