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Auflistung nach Autor:in "Waltemath, Dagmar"

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  • Konferenzbeitrag
    Considerations of graph-based concepts to manage of computational biology models and associated simulations
    (INFORMATIK 2012, 2012) Henkel, Ron; Novère, Nicolas Le; Wolkenhauer, Olaf; Waltemath, Dagmar
    Over the past years various databases in Life Sciences have been developed, among them databases to handle computational models of biological systems. Exchange formats that represent these models are typically XML- based; they encode models as networks. Models are published together with supplementary materials such as annotations, simulation experiment descriptions, or result sets. In consequence, not only model files need to be managed, but also the associated simulation setups, and highly linked meta-information. We discuss here the use of graph databases for model storage as they well reflect this interrelated nature. They can also enhance the integrated management of computational models and associated meta-information, as they handle connections between models, simulation descriptions and result data files, as well as external knowledge. This property enhances version control, retrieval and ranking, thereby resulting in improved model reuse and result reproducibility.
  • Zeitschriftenartikel
    Das Sombi-Framework zum Ermitteln geeigneter Suchfunktionen für biologische Modelldatenbasen
    (Datenbank-Spektrum: Vol. 11, No. 1, 2011) Waltemath, Dagmar; Henkel, Ron; Meyer, Holger; Heuer, Andreas
    Die Wiederverwendung von Simulationsmodellen biologischer Systeme ist mit der ansteigenden Zahl der in Modelldatenbanken gespeicherten Modelle zu einem wichtigen Forschungsproblem geworden. Ein Teilproblem ist die effiziente Suche nach relevanten Modellen in einer Datenbasis. Als Lösungsansatz wurde kürzlich die Nutzung von Information-Retrieval-Techniken für das bewertete Finden von Modellen vorgestellt.Die im Folgenden beschriebene Software stellt Anwendungsentwicklern ein Framework zur Evaluation verschiedener Retrieval- und Rankingfunktionen unter Nutzung unterschiedlicher Datenbasen zur Verfügung. Der modulare Aufbau des Frameworks ermöglicht die Unterstützung weiterer XML-basierter Beschreibungsformate sowie das Einbinden zusätzlicher Funktionen. Voraussetzungen für die Verwendung des Frameworks sind die Kodierung der Simulationsmodelle in einem XML-basierten Standard-Repräsentationsformat sowie die Verfügbarkeit von semantischen Modellinformationen, z.B. in Form von in Ontologien kodierten Meta-Informationen. Sombi wurde als Evaluationswerkzeug für Datenbankentwickler im Bereich der Modellspeicherung in der Systembiologie entwickelt. Eine Verwendung des Frameworks auf anderen Anwendungsgebieten ist jedoch vorstellbar.
  • Konferenzbeitrag
    Extracting reproducible simulation studies from model repositories using the combinearchive toolkit
    (Datenbanksysteme für Business, Technologie und Web (BTW 2015) - Workshopband, 2015) Scharm, Martin; Waltemath, Dagmar
    The COMBINE archive is a digital container format for files related to a virtual experiment in computational biology. It eases the management of numerous files related to a simulation study, fosters collaboration, and ultimately enables the exchange of reproducible research results. The CombineArchive Toolkit is a software for creating, exploring, modifying, and sharing COMBINE archives. Open model repositories such as BioModels Database are a valuable resource of models and associated simulation descriptions. However, so far no tool exists to export COMBINE archives for a given simulation study from such databases. Here we demonstrate how the CombineArchive Toolkit can be used to extract reproducible simulation studies from model repositories. We use the example of Masymos, a graph database with a sophisticated link concept to connect model-related files on the storage layer.