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TRIXX BMI - Virtuelles Screening mit Indextechnologie
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Datum
2011
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Verlag
Gesellschaft für Informatik
Zusammenfassung
Im Folgenden wird ein Verfahren namens TRIXX BMI vorgestellt, welches den sequentiellen Ansatz traditioneller Tools im Bereich des virtuellen Screenings umgeht. Das neue Verfahren basiert auf einem innovativen Deskriptor, welcher physikochemische Eigenschaften von Proteinen und Wirkstoffen kodiert. Der Deskriptor wird in einem Vorverarbeitungsschritt für alle Liganden unter Berücksichtigung ihrer Flexibilität berechnet und indiziert gespeichert. Mit Hilfe komplementärer, auf dem aktiven Zentrum beruhenden Anfragedeskriptoren ist es möglich, Ligandplatzierungen innerhalb des Proteins zu identifizieren. Sowohl chemische als auch räumliche Komplementarität werden bereits auf der abstrakten Deskriptorebene behandelt. Moleküle ohne Deskriptorplatzierung werden von weiteren Berechnungen ausgeschlossen. Dieser nicht-sequentielle Zugriff auf die Molekülbibliothek beschleunigt das virtuelle Screening – bei vergleichbarer Qualität der Ergebnisse – um eine Größenordnung. Zudem können pharmakophore Eigenschaften, die ein bevorzugtes Interaktionsmuster des Proteins darstellen, als Bestandteil der Deskriptoranfrage verwendet werden. Dadurch wird das Verfahren um eine weitere Größenordnung beschleunigt.