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Auflistung Band 32 - Heft 4 (August 2009) nach Titel
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- ZeitschriftenartikelAlgorithmische Systembiologie mit Petrinetzen – Von qualitativen zu quantitativen Systemmodellen(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Birzele, Fabian; Csaba, Gergely; Erhard, Florian; Friedel, Caroline; Küffner, Robert; Petri, Tobias; Windhager, Lukas; Zimmer, RalfDie algorithmische Systembiologie ist ein aktuelles Teilgebiet der Bioinformatik. Petrinetze [28] werden seit Jahrzehnten für die Modellierung von Systemen und seit ca. 15 Jahren auch in der netzwerk-orientierten Bioinformatik [17, 27] verwendet. In der algorithmischen Systembiologie werden Petrinetze einerseits zur Repräsentation von biologischem Wissen in Form von qualitativen Netzwerkmodellen und andererseits für die Analyse ihrer dynamischen Eigenschaften und ihre quantitative Simulation eingesetzt. Die Auswahl relevanter Teilnetze aus großen qualitativen Netzen und ihre Umsetzung in quantitative Modelle erfordern neue methodische Ansätze.
- ZeitschriftenartikelAnalyse und Visualisierung biologischer Netzwerke(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Schreiber, FalkModerne Analysemethoden ermöglichen es, die elementaren Bausteine biologischer Systeme im großen Umfang zu bestimmen. Sie sind damit Grundlage für einen ganzheitlichen Ansatz der Untersuchung biologischer Systeme im Sinne der Systembiologie, um aufbauend auf den einzelnen Elementen und ihren Interaktionen das Gesamtsystem zu verstehen. Netzwerke spielen dabei eine entscheidende Rolle, da sie ein geeignetes Medium zur Integration der unterschiedlichen Daten darstellen. Durch die Entwicklung neuer Analyse- und Visualisierungsmethoden für biologische Netzwerke kann die Informatik wesentlich zum besseren Verständnis der komplexen Prozesse in Lebewesen beitragen. Dieser Artikel gibt einen Überblick über das Thema und zeigt beispielhaft Anwendungen.
- ZeitschriftenartikelApproximative Gencluster und ihre Anwendung in der komparativen Genomik(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Jahn, Katharina; Stoye, JensDurch die zunehmende Verfügbarkeit von komplett sequenzierten und assemblierten Genomen eröffnet sich die Möglichkeit, Spezies anhand der Gesamtstruktur ihrer Genome zu vergleichen. Zu diesem Zweck werden Genome häufig nicht mehr auf Ebene der Nukleotidsequenz dargestellt sondern als eine Folge von Genen, die deren Anordnung auf den Chromosomen widerspiegelt. Eine wichtige Aufgabe in diesem Bereich ist die Bestimmung von chromosomalen Bereichen, die über verschiedene Spezies hinweg komplett oder näherungsweise konserviert sind. In diesem Artikel werden informatische Methoden zur Bestimmung dieser Bereiche vorgestellt und Anwendungen im Bereich der Genclustervorhersage und der Phylogenie-Rekonstruktion beschrieben.
- ZeitschriftenartikelBioinformatik(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Hofestädt, Ralf; Mayr, Ernst W.
- ZeitschriftenartikelBioinformatische Unterstützung der Auswahl von HIV-Therapien(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Lengauer, Thomas; Altmann, André; Thielen, AlexanderAIDS ist eine der wesentlichen Bedrohungen für die Menschheit unter den heutigen Infektionskrankheiten. Die Krankheit verursacht weltweit Millionen Todesfälle jährlich.
- ZeitschriftenartikelGewissensbits – Wie würden Sie urteilen?(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009)
- ZeitschriftenartikelGI-Veranstaltungskalender(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009)
- ZeitschriftenartikelLarge-scale antibody profiling of human blood sera: The future of molecular diagnosis(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009) Keller, Andreas; Ludwig, Nicole; Heisel, Sabrina; Leidinger, Petra; Andres, Claudia; Steudel, Wolf-Ingo; Huwer, Hanno; Burgeth, Bernhard; Hein, Matthias; Weickert, Joachim; Meese, Eckart; Lenhof, Hans-PeterDespite the progress in cancer diagnosis the timely detection of many cancer types is still a grand challenge. For various human cancer types including lung cancer, prostate cancer, and breast cancer, several groups recently demonstrated that autoantibody profiling might be a promising approach towards earlier and more accurate cancer diagnosis.In this paper, we confirm the ability of autoantibody profiling as a diagnostic test by providing evidence that not only cancer sera can be distinguished well from normal controls, but also from sera of patients with noncancerous diseases. Altogether, we screened blood sera of 191 cancer patients, 60 physiologically unaffected controls, and 177 sera of patients with noncancerous diseases for more than 1800 immunogenic clones. The measured autoantibody fingerprints were evaluated using a novel image analysis pipeline.For 13 antigens, statistically significant (p<0.05) and at least two-fold elevated immuno-reactivity in cancer sera compared to normal sera could be observed. Nine of these antigens also showed increased reactivity compared to sera of patients with other diseases, including the tumor marker vimentin. Supervised discrimination between cancer and normal sera by using linear Support Vector Machines was possible with an accuracy of 94.04%, a specificity of 83.38%, and a sensitivity of 97.44%. Here, our so-called MIMM (minimally invasive multiple marker) approach showed no significant difference in the classification accuracy between low and higher tumor grades. The classification in healthy and diseased sera showed an even higher accuracy of 96.12% while the discrimination in cancer sera and diseased controls revealed an accuracy of 69.58%.These results demonstrate that autoantibody profiling offers the possibility of cancer screening for a variety of different cancer types as well as inflammatory diseases at an early disease stage.
- ZeitschriftenartikelMitteilungen der Gesellschaft für Informatik 198. Folge(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009)
- ZeitschriftenartikelMitteilungen der Gesellschaft für Informatik 198. Folge (Fortsetzung)(Informatik-Spektrum: Vol. 32, No. 4, 2009)